در سال ۱۳۴۹ هجری خورشیدی همزمان با دانشگاه تهران و دانشگاه صنعتی شریف، رشته آمار و ماشین های حسابگر در مقطع کارشناسی در دانشکده علوم دانشگاه فردوسی مشهد تأسیس شد. بعدها این رشته به نام کامپیوتر تغییر نام یافت تا اینکه در سال ۱۳۶۷ گروه مهندسی کامپیوتر در دانشکده مهندسی شکل گرفت و پذیرش دانشجو در مقطع کارشناسی رشته مهندسی کامپیوتر گرایش نرم افزار در دانشکده مهندسی آغاز گردید. گروه مهندسی کامپیوتر در سال ۱۳۷۴ پذیرش دانشجو در مقطع کارشناسی ارشد مهندسی کامپیوتر گرایش نرم افزار را آغاز کرد. در سال ۱۳۷۹ گرایش سخت افزار به گرایش های رشته مهندسی کامپیوتر گروه اضافه شد و پذیرش دانشجو در مقطع کارشناسی گرایش سخت افزار شروع شد. گروه مهندسی کامپیوتر در سال ۱۳۸۵ پذیرش دانشجو در مقطع دکترای تخصصی مهندسی کامپیوتر گرایش نرم افزار را شروع کرد. پذیرش دانشجو در مقاطع کارشناسی ارشد و دکترای تخصصی مهندسی کامپیوتر گرایش هوش مصنوعی به ترتیب در سال های ۱۳۸۷ و ۱۳۹۴ آغاز شد. گروه مهندسی کامپیوتر از سال ۱۳۹۳ اقدام به پذیرش دانشجو در مقطع کارشناسی ارشد مهندسی فناوری اطلاعات گرایش شبکه های کامپیوتری کرده است. علاوه بر این، گروه مهندسی کامپیوتر از مهرماه ۱۳۹۶ پذیرش دانشجو در مقطع کارشناسی ارشد مهندسی کامپیوتر گرایش معماری کامپیوتر (سخت افزار) را شروع خواهد کرد.